Opa,
Esqueci de mencionar que a grande sacada é que o NFSE possui um namespace declarado como:
xmlns="http://www.abrasf.org.br/nfse.xsd"
Isso faz com que você tenha que definir no XSLT esse namespace para poder encontrar os elementos.
A definição é simplesmente assim:
xmlns:a="http://www.abrasf.org.br/nfse.xsd"
Usando esse namespace "a:" você pode encontrar os elementos no XML assim:
<xsl:template match="a:GerarNfseResposta">
<xsl:apply-templates select="a:ListaNfse/a:CompNfse/a:Nfse/a:InfNfse" />
</xsl:template>
Aqui estão algumas fontes sobre XSLT e XPATH: